CLASE: Introducción a la proteómica
RESPUESTA: Sí que existen varios protocolos para este tipo de muestras (te mando unos links).
Es importante tener en cuenta que el procedimiento de obtención de la muestra va a determinar la calidad de la misma para su análisis proteómico: si la biopsia ha estado durante mucho tiempo a temperatura ambiente antes de ser fijada en parafina, puede haber habido degradación.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090905
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21526778
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20469934
La cantidad mínima de muestra depende de los resultados que quieras obtener. Cuanta más proteína en la muestra, mayor va ser el número de identificaciones en el análisis proteómico.
En nuestra experiencia, obtenemos un 10% de proteína del peso inicial del tejido. Por ejemplo, de un tejido de 10 mg (10,000 microgramos), podríamos obtener unos 100 microgramos de proteína. Eso sería suficiente para identificar unas 4000-5000 proteínas en el análisis.