CLASE: Secuenciando los Genomas del Cáncer
RESPUESTA: Para garantizar buenos resultados se requiere un mínimo de ~200ng de ADN genómico de buena calidad (=buena integridad). Buenos resultados suponen una cobertura uniforme en la secuenciación del exoma. (ADN “real”, valorado por fluorometría (picogreen) en lugar de espectrofotometría (=sobreestima) y por electroforesis en gel de agarosa.)
Los siguientes enlaces se refieren a sistemas comerciales de captura del exoma, paso crítico y previo al de su secuenciación:
http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/nextera_rapid_capture_exome_kit.ilmn
En este último se menciona como cantidad mínima pero suficiente de ADN la de 50ng, pero diría que dadas sus peculiaridades este sistema es más exigente sobre la integridad del ADN de partida para una cobertura uniforme o apropiada de los resultados.
Naturalmente los mejores resultados se obtienen a partir de tumores frescos o congelados, las muestras FFPE son más arriesgadas.
En el enlace siguiente verá que se ofrece como viable la secuenciación de exomas obtenidos a partir de muestras FFPE, aunque con mayor tasa de fallos y menor uniformidad en la cobertura. los problemas dependen de las características de cada muestra concreta (cantidad de tumor, nivel de celularidad y contaminación no tumoral, y condiciones de fijación con consecuencia directa en la calidad-integridad del ADN extraíble.)
http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/platforms/genomics/human-exome-sequencing
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